MBK mula ditubuhkan pada tahun 1973 melalui Pekeliling Perkhidmatan Bilangan 5 Tahun 1973 bagi menggantikan Majlis-majlis Kebangsaan Whitley Pekerja-pekerja Bahagian I-IV dan Kumpulan Perusahaan dan Buruh Kasar, Majlis Bersama Kebangsaan bagi Guru-guru, Majlis-majlis Whitley Sabah dan Sarawak, Majlis-majlis Whitley Jabatan, Jawatankuasa-jawatankuasa Perhubungan dan Majlis-majlis Bersama Badan-badan Berkanun dan Kuasa-kuasa Tempatan. Tiga (3) MBK yang ditubuhkan pada 1973 adalah:
- Majlis Bersama Kebangsaan bagi Pekerja-pekerja dalam Perkhidmatan Awam termasuk Perkhidmatan Pelajaran;
- Majlis Bersama Kebangsaan bagi Pekerja-pekerja dalam Badan-badan Berkanun termasuk Kuasa-kuasa Tempatan; dan
- Majlis Bersama Kebangsaan bagi Perkhidmatan Polis.
Pada tahun 1979, pelaksanaan MBK telah disemak semula bagi memperluaskan penyertaan Pihak Pekerja melalui Pekeliling Perkhidmatan Bilangan 2 Tahun 1979. Sehubungan dengan itu ketiga-tiga MBK sedia ada telah dibubar dan digantikan dengan lima (5) MBK seperti berikut:
- Majlis Bersama Kebangsaan bagi Pekerja-pekerja dalam Perkhidmatan Awam selain daripada Pekerja-pekerja Kumpulan Rendah dan Buruh Kasar;
- Majlis Bersama Kebangsaan bagi Pekerja-pekerja dalam Perkhidmatan Pelajaran;
- Majlis Bersama Kebangsaan bagi Pekerja-pekerja dalam Badan-badan Berkanun;
- Majlis Bersama Kebangsaan bagi Pekerja-pekerja dalam Kuasa-kuasa Tempatan; dan
- Majlis Bersama Kebangsaan bagi Pekerja-pekerja dalam Kumpulan Rendah dan Buruh Kasar dalam Perkhidmatan Awam.
Pada tahun 1992, MBK sedia ada telah disusun semula melalui Pekeliling Perkhidmatan Bilangan 2 Tahun 1992 selaras dengan pelaksanaan Sistem Saraan Baru (SSB). Perubahan struktur MBK dengan penubuhan tiga (3) MBK bagi menggantikan lima (5) MBK sedia ada adalah seperti berikut:
- Majlis Bersama Kebangsaan bagi Pekerja-pekerja Pengurusan dan Profesional (MBK P&P);
- Bersama Kebangsaan bagi Pekerja-pekerja Sains dan Teknologi dalam Kumpulan Pelaksana (MBK S&T); dan
- Bersama Kebangsaan bagi Pekerja-pekerja Am Dalam Kumpulan Pelaksana (MBK Am)
Setelah 28 tahun, MBK telah disemak semula dan ditambah baik bagi memastikan dasar hubungan majikan-pekerja Pekhidmatan Awam kekal relevan. Sehubungan dengan itu, Kerajaan melalui Pekeliling Pekhidmatan Bilangan 6 Tahun 2020 telah bersetuju mengekalkan struktur MBK sedia ada dengan beberapa penambahbaikan. Antara penambahbaikan yang dilaksanakan adalah melibatkan keahlian Pihak Pegawai, penubuhan Jawatankuasa Kerja MBK dan mewujudkan pelepasan khas hari bekerja sebanyak satu (1) hari sebulan kepada Pengerusi dan Setiausaha bagi tujuan melaksanakan urusan berkaitan MBK dan penggunaan geran tahunan MBK diperluaskan kepada pelaksanaan program/bengkel/seminar Pihak Pekerja MBK.