Program penajaan Biasiswa Yang di-Pertuan Agong telah mula diperkenalkan pada tahun 2006 khusus kepada calon yang mempunyai prestasi tinggi dalam akademik dan bukan akademik (ko-kurikulum) untuk melanjutkan pelajaran di peringkat Kedoktoran (Ph.D) dan Sarjana di dalam atau di luar negara.